A primeira tentativa dos médicos de Sergipe em se organizarem através de uma entidade associativa data do final da segunda década republicana, com a fundaçao da Sociedade de Medicina de Sergipe, em 15 de outubro de 1910. No dia seguinte, a entidade publicou seus estatutos no jornal "O Estado de Sergipe". Além de médicos, congregava dentistas e farmaceuticos. O primeiro presidente foi o Dr.Helvécio Andrade. Infelizmente, a Sociedade teve vida efemera, uma vez que, apenas 1 ano após a sua instalaçao, ela foi extinta.

Somente em 1919, ocorre uma segunda tentativa de organizaçao médica: cria-se a Sociedade de Medicina e Cirurgia de Sergipe, em 14 de julho, tendo como primeiro presidente o Dr. Francisco Fonseca. Até a construçao do Hospital de Cirurgia, a entidade teve uma destacada atuaçao política, quando no seu comando estava o eminente cirurgiao Augusto Leite. Depois a entidade passou por um período de declínio, sendo desativada.

Em 27 de junho de 1937, finalmente, é fundada a Sociedade Médica de Sergipe, que perdura até hoje, portanto há 67 anos, lutando pelos interesses da classe.

Segundo o professor Henrique Batista, da UFS e ex-presidente da SOMESE, a entidade teve, na sua evoluçao histórica institucional, tres fases: a fase da Intencionalidade, que perdurou até 1949, com o fim do longo mandato do Dr.Augusto Leite. Com a ascensao do Dr. .Machado de Souza a presidencia, inicia-se uma nova etapa, denominada de Fase de Concretizaçao, que vai até o final da décima quarta diretoria, em 1971. 

A partir daí e até os dias de hoje, perdura a Fase de Emancipaçao, onde a SOMESE consolidou o seu prestígio no seio da comunidade sergipana, iniciando com o trabalho da vigésima segunda diretoria, sob o comando do Dr. José Hamilton Maciel Silva, empossado em 4 de outubro de 1985 após histórica disputa eleitoral. Depois dele, de 1993 a 1997, a entidade teve um enorme salto de qualidade, com o trabalho renovador e revolucionário da vigésima sexta diretoria, sob o comando do Dr. Lúcio Antonio Prado Dias, criador do Departamento de Convenio, talvez a maior realizaçao e conquista da categoria, com reflexos importantes na defesa do exercício da profissao médica. Os presidentes que lhe sucederam, William Soares e Henrique Batista promoveram expressiva ampliaçao da sede social e implementaram programas sociais. Na administraçao de Dr. William foi criado o "Almoço da Quintas" reunindo médicos, entidades e personalidades da vida política, empresarial, cultural e institucional de Sergipe para debates variados. Em 2007, na segunda gestao do Dr. Roberto Gurgel, a Somese comemorou seu 70o aniversário em grande estilo, em solenidade marcante que contou com a presença do Governador do Estado, do Prefeito de Aracaju e diversas autoridades, além de toda a diretoria da Associaçao Médica Brasileira. Na sua gestao foram firmadas parcerias para o desenvolvimento de açoes de prevençao, entre elas a campanha de prevençao da violencia doméstica contra a mulher e contra a criança. Finalmente, em 2008, foi eleita uma chapa de consenso encabeçada pelo médico Petrônio Gomes, cujo mandato vai até 2011, continuando as açoes para oferecer maiores e melhores benefícios para a categoria, entre elas a nova Revista Somese.