A União deixou de gastar, de 2000 a 2008, ao menos R$ 5,4 bilhões em saúde, segundo o Ministério Público Federal. O valor equivale a 1,7% do que foi investido na área nesse período e a 10% do orçamento do Ministério da Saúde deste ano. Segundo a Procuradoria, só em 2008 o governo não gastou R$ 1,2 bilhão dos R$ 49,3 bilhões que deveria gastar. Agora, o MPF quer que o governo reponha os recursos. No final de junho, a Procuradoria Geral da República enviou recomendação nesse sentido aos ministérios da Fazenda, do Planejamento e da Saúde. As pastas têm até o início de agosto para responder. A partir daí, poderá ser feito um acordo para a reposição do dinheiro. Se não houver consenso, a Procuradoria deverá propor uma ação na Justiça. Se as supostas irregularidades continuarem a ser praticadas, poderão ser propostas ações de improbidade administrativa contra o governo. A Procuradoria indica três formas pelas quais o governo deixou de investir em saúde. A primeira foi em 2001 e 2002, na gestão Fernando Henrique Cardoso. De acordo com a Constituição, o orçamento do Ministério da Saúde deve corresponder a, no mínimo, o valor do ano anterior corrigido pela variação do PIB. Naqueles anos, porém, o governo, em vez de considerar o valor investido nos anos imediatamente anteriores, usou como base de cálculo o orçamento de 1999, que era menor. Em 2005, já na gestão Lula, o governo incluiu como gasto em saúde verbas do Bolsa Família. Por tratar-se de assistência social, o programa não se enquadra na definição do que o Conselho Nacional de Saúde considera investimento na área. Outro problema nos dois governos (FHC e Lula) foi o cancelamento de verbas previstas no orçamento e não utilizadas.